DeFluorX计算流程筛选FAcD脱氟变体
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DeFluorX计算流程筛选FAcD脱氟变体
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AI 综述
Ahmad等作者提出机制优先的计算流程DeFluorX,用Boltz-2将2,150个细菌氟乙酸脱卤酶(FAcD)变体与26种PFAS及氟乙酸共折叠,以筛选可用于PFAS酶解脱氟的变体。作者称模型置信度普遍较高(rho=+0.08),但与催化能力的关联较差。 按SN2脱氟几何分层后,流程筛出8个高降解概率复合物(中位角173.2度、距离2.91 Å),包括α变形菌门酶;单、二、三氟乙酸酯以172–178度进攻,对照组为163度。QM/MM显示全部12帧均发生产物端C-F断裂,能垒1.1–11.8 kcal mol-1,离去氟带-0.43至-0.63 e电荷。 上述为计算结果,实验室验证仍在进行中,这些变体是否实际高效脱氟尚未得到实验确认。
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最新进展10月16日 08:00
基于机制导向发现用于PFAS酶解脱氟的氟乙酸脱卤酶(FAcD)变体报道时间线
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10月16日
- bioRxiv · Bioinformatics基于机制导向发现用于PFAS酶解脱氟的氟乙酸脱卤酶(FAcD)变体
研究提出DeFluorX机制优先流程,用Boltz-2将2,150个细菌氟乙酸脱卤酶(FAcD)变体与26种PFAS及氟乙酸共折叠,模型置信度高(rho=+0.08)但与催化能力关联差。按SN2脱氟几何分层筛出8个高降解概率复合物(中位角173.2度、距离2.91 Å),QM/MM显示全部12帧均发生产物端C-F断裂,能垒1.1-11.8 kcal mol-1。实验室验证仍在进行中。
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