CTBF提出活检引导的肿瘤系统发育重建方法

Paszek、Mykowiecka和Gogolewski在bioRxiv提出癌症树活检框架（CTBF）的重建方法，将拷贝数图谱与其在不同活检中的独立观测区分开，连接连续样本、推迟模糊亲本分配并补全未解析祖先。 在100个独立模拟历史中，活检引导的部分方法在完整真树和仅观测状态限制的真树上，平均有根广义Robinson-Foulds相似度均高于合并邻接法和仅拓扑的MEDICC2；在固定计算预算下，在两个评估的演化深度上平均相似度也高于NestedBD-Long。但该预算内其马尔可夫链蒙特卡洛运行的收敛性未得到确认。 作者将其应用于三份纵向KTN152活检样本，在患者来源的整数拷贝数估计上展示了基因组尺度的可行性。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。