HiRepEat预印本发布,用于LTR-RT家族发现
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HiRepEat预印本发布,用于LTR-RT家族发现
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AI 综述
Maheshwari等作者发布预印本,提出HiRepEat方法及TACO、SALSA组件,将Myers O(Nd)波前比对算法适配为新的LTR检测、聚类与系统发育信息共识方法,用于在新基因组序列中识别LTR反转录转座子家族。 作者称,该方法在脊椎动物基因组计划(VGP)的500多个基因组上完成聚类与共识分析,多数情况下在15Gb内存、16核条件下不到60分钟完成;并在30个果蝇物种及VGP范围内进行跨基因组LTR-RT聚类,称可细粒度解析物种间LTR-RT共享模式,并发现水平转移候选。上述性能与结果均为预印本中的作者说法,尚未经同行评审证实。
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最新进展10月16日 08:00
基于HiRepEat的LTR反转录转座子家族高效精准发现报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
10月16日
- bioRxiv · Bioinformatics基于HiRepEat的LTR反转录转座子家族高效精准发现
研究团队将Myers O(Nd)波前比对算法适配为新的LTR检测、聚类与系统发育信息共识方法HiRepEat,用于在新基因组序列中识别LTR-RT家族。
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