结直肠癌肿瘤出芽基因模块跨平台评估

一项预印本研究比较了结直肠癌肿瘤出芽相关基因模块（AIF1、LIF、MRC1、TNC）在bulk与单细胞转录组中的可检测性，结论是同一批基因对的共表达信号在单细胞分辨率下明显更清晰。 研究用Fisher精确检验加Benjamini-Hochberg校正，分别分析TCGA-COADREAD（n=547）和GSE178341单细胞数据（n=26,057个细胞）。在bulk RNA-seq中，基因对富集倍数较弱（1.16至2.72），其中AIF1与LIF无显著关联（FE=1.16，FDR=0.31）；在单细胞数据中，相同基因对的富集倍数达31至184.5（FDR均小于8e-38）。此外，基于bulk数据构建的风险评分关联较弱（Cox HR=1.21，p=0.021）。 作者Sarkar等据此认为，研究肿瘤微环境相关基因特征时转录组分辨率很重要。该结论来自预印本，尚未经同行评审。

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还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。