纳米孔测序预处理组合基准评测

Furqon 等作者在 bioRxiv 发布预印本，基准测试了 17 种纳米孔测序 reads 预处理组合，用于细菌基因组分析。这些组合由 Dorado、Porechop_ABI、Barbell 三种接头修剪工具与 Filtlong、Chopper、SeqKit 三种质量处理工具搭配，并包含未修剪、未处理的对照，另加同时完成两步的 Fastplong。 评测覆盖 13 株细菌分离株，在 100x 与 20x 测序深度、HAC 与 SUP 碱基识别模型下进行；变异检测以 F1 分数衡量，组装则按序列准确性、连续性、复制子回收和残留接头污染评分，再按微生物基因组学界问卷调查所得的权重加权平均。 结果显示，Filtlong 组合的错误率最低，但所有含 Filtlong 的流程在两种深度下都丢失了三个小质粒。

AI 根据报道生成 · 1 小时前更新

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。