死藤水藤本两民族变种染色体级基因组组装发布
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死藤水藤本两民族变种染色体级基因组组装发布
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AI 综述
Trinca等作者在bioRxiv发布亚马逊死藤水藤本Banisteriopsis caapi两个民族变种caupuri与tucunaca的染色体级基因组组装,大小分别为1.16 Gb和1.13 Gb,各含10条染色体级假分子。 两基因组约78%为重复DNA,以LTR逆转录转座子为主,结构变异也主要由转座子相关插入和缺失构成。作者称两者均保留两次古伽马复制后事件的痕迹,并在Malpighia emarginata中检出相关信号,提示这段古多倍体历史至少部分早于这两个金虎尾科谱系的分化。 作者提出,两民族变种间的候选差异来自基因家族重塑、LARD与LTR相关基因组邻域,以及较近期的串联重复基因阵列局部扩张;这些仅为候选特征,尚未证实其功能或与民族变种分化的因果关系。
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10月16日
- bioRxiv · Genomics亚马逊死藤水藤本植物Banisteriopsis caapi染色体级比较基因组学揭示古多倍体祖先与近期串联基因扩张作为民族变种分化候选特征
研究对caupuri与tucunaca两个民族变种完成染色体级基因组组装,大小分别为1.16 Gb和1.13 Gb,各含10条染色体级假分子。两基因组均保留两次古伽马复制后事件的痕迹,约78%组装序列为重复DNA,以LTR逆转录转座子为主。两变种在结构变异、重复序列组成和基因家族谱上存在差异,民族变种偏向性差异候选来自基因家族重塑、LARD与LTR相关基因组邻域及较近期串联重复基因阵列的局部扩张。
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