SLAFIT：从三代测序数据推断病毒适应度并检测结构变异

SLAFIT是一款从三代测序数据中进行连锁感知适应度推断和结构变异检测的流程，可重建全基因组单倍型及其频率以推断SNV并估计连锁不平衡，有时间序列数据时还能推断适应度，并将已有SV检测工具纳入同一工作流。模拟显示在测试条件下LD与适应度推断准确，并行化缩短了计算时间；应用于肠道病毒C104和单纯疱疹病毒1型分别揭示预测表位的选择信号并找回一个已知倒位。